Setelah Sultan Agung wafat, ia digantikan oleh putranya yang bergelar Suhunan Amangkurat I. Raja baru Mataram ini terlihat lemah dan tidak memiliki kemampuan seperti sang ayah, Sultan Agung Hanyakrakusuma. Gejala ini ditandai dengan tindakan yang keliru yaitu diadakannya perjanjian dengan VOC yang isinya VOC diberi izin dan diperbolehkan berdagang di semua bandar wilayah Mataram.
Sekitar tahun 1674 di Madura terdapat seorang bangsawan bernama Raden Trenggono yang memberontak terhadap pemerintahan Amangkurat I dan II Kerajaan Mataram. Pemberontakan ini dilatarbelakangi oleh ketidakpuasan atas pemerintahan Amangkurat I dan II yang keras dan bekerjasama dengan VOC. Hal tersebut menimbulkan keresahan pada kerabat istana dan para ulama. Pertentangan hebat terjadi antara para ulama dan Amangkurat I yang menyebabkan penangkapan terhadap para ulama dan santri yang kemudian dihukum mati.
Latar Belakang Perlawanan Trunojoyo
Perlawanan Trunojoyo terjadi pada tahun 1674 – 1679. Saat itu Kerajaan Mataram diperintah oleh Amangkurat I, pengganti Sultan Agung. Amangkurat I dan II memiliki sifat yang bertolak belakang dengan Sultan Agung, sifat – sifat Amangkurat I yaitu :
- Kejam dan sewenang – wenang terhadap rakyat selama memerintah Mataram
- Kedekatan pemerintah Mataram dengan VOC
Pemberontakan Trunojoyo diawali oleh penculikan Cakraningrat II (penguasa Madura Barat) yang kemudian diasingkan ke Lodaya, Kediri. Pada tahun 1674 Trunojoyo berhasil merebut Madura dan memproklamirkan diri sebagai raja di Madura Barat dan merasa wilayahnya sejajar dengan Mataram. Pemberontakan ini diperkirakan mendapat dukungan dari Cakraningrat karena diketahui Cakraningrat II dianggap telah mengabaikan pemerintah Mataram.
Laskar Madura pimpinan Trunojoyo kemudian bekerjasama dengan Karaeng Galesong dan Mantemarano, kelompok pelarian dari Makassar pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC. Selain itu, Trunojoyo juga mendapat dukungan dari Panembahan Giri dari Surabaya yang tidak menyukai pemerintahan Mataram dibawah kepeimpinan Amangkurat I.
Kemenangan Trunojoyo
Dengan bantuan pasukan Madura, Makassar dan Surabaya, Trunojoyo mampu menguasai Jawa Timur dan sebagian Jawa Tengah. Setelah memenangkan sebagian wilayah Mataram, Trunojoyo diberi gelar Panembahan Maduretno dan mendirikan pemerintahan di Kediri. Pada saat itu, hampir seluruh wilayah pesisir Jawa dikuasai oleh Trunojoyo walaupun wilayah – wilayah pedalaman masik banyak yang setia terhadap Mataram.
Perselisihan secara langsung pun terjadi antara Trunojoyo dan Amangkurat I. Trunojoyo dan pasukannya mampu merebut ibu kota Mataram. Amangkurat I melarikan diri untuk meminta bantuan VOC, namun ia wafat di Tegalarum atau Tegalwangi (dekat dengan Kota Tegal) sebelum sempat meminta bantuan kepada VOC. Kemenangan – kemenangan Trunojoyo tersebut menyebabkan perselisihan antara Trunojoyo dan Adipati Anom (anak dari Amangkurat I). Adipati Anom yang sebelumnya mendukung gerakan Trunojoyo berbalik memusuhinya. Setelah kematian Amangkurat I, Adipati Anom diangkat menjadi raja Mataram dan bergelar Amangkurat II pada tahun 1677.
Perjanjian Jepara
Sifat Amangkurat II tidak berbeda dengan Amangkurat I yang bekerjasama dengan VOC. Amangkurat II meminta bantuan terhadap VOC untuk menangkap Trunajaya. Sebelumnya dibuat perjanjian yang dikenal dengan Perjanjian Jepara pada September 1677 yang berisi daerah pesisir utara Jawa dari Kerawang hingga ujung timur dan wilayah Jawa Barat (sebelah selatan Batavia) digadaikan kepada VOC sebagai jaminan pembayaran biaya perang Trunajaya.
Kekalahan oleh VOC
VOC pernah mencoba jalur damai dengan Trunojoyo. VOC meminta agar Trunojoyo datang secara pribadi ke benteng VOC di Danareja. Namun Trunojoyo menolak. Setelah berusaha dengan jalan damai tidak berhasil VOC yang berada di bawah kepemimpinan Cornelis Speelman akhirnya memusatkan kekuatannya untuk menangkap dan memadamkan perlawanan Trunojoyo. Pada bulan April 1677, Speelman bersama pasukan VOC berangkat untuk menyerang Surabaya. Speelmen memimpin 1.500 orang berhasil mendesak Trunojoyo. VOC berhasil menguasai Surabaya dan sedikit demi sedikit dapat menguasai benteng pertahanan Trunojoyo.
Akhir Perlawanan Trunojoyo
Trunojoyo akhirnya dapat dikepung dan menyerah di lereng Gunung Kidul pada tanggal 27 Desember 1679 oleh Kapitan Jonker. Trunojoyo kemudian diserahkan kepada Amangkurat II yang berada di Payak, Bantul. Pada tanggal 2 Januari 1680, Amangkurat II menjatuhkan hukuman mati kepada Trunojoyo. Sejak saat itu Mataram berada di bawah penguasaan VOC.
Setelah padamnya pemberontakan Trunojoyo, Amangkurat II memindahkan Kraton Plered yang telah ambruk oleh serangan Trunojoyo ke Kartasura. Mataram berhutang banyak kepada VOC yang akhirnya menyerahkan kota – kota di pesisir utara Jawa kepada VOC. Cakraningrat II diangkat kembali menjadi penguasa Madura dan sejak saat itu VOC terlibat dalam penentuan pengangkatan raja Madura.
