Megawati Soekarnoputri menjadi presiden RI selanjutnya berdasarkan Ketetapan MPR No. III/MPR/2001 dan Hamzah Haz dari PPP terpilih sebagai wakil presiden. Pasangan presiden dan wakil presiden ini kemudian membentuk Kabinet Gotong Royong. Banyak yang menganggap bahwa Megawati Soekarnoputri memang sudah selayaknya menjadi presiden RI mengingat pemilu 1999 Megawati mendapatkan suara terbanyak. Pidato Abdurrahman Wahid yang ditolak MPR otomatis membuat Megawati naik menjadi presiden RI. Dia kemudian dilantik menjadi presiden RI kelima pada 23 Juli 2001. Megawati merupakan presiden wanita pertama di Indonesia dan presiden wanita keempat di Asia setelah Indira Gandhi (India), Benazir Butho (Pakistan) dan Khalida Zia (Bangladesh).
Perekonomian Masa Megawati Soekarnoputri
Kondisi perekonomian negara pada masa pemerintahannya memang belum dapat memenuhi tuntutan reformasi, terutama sejumlah kewajiban keuangan yang harus diselesaikan dengan IMF. Dalam rangka mengupayakan keseimbangan keuangan negara (APBN), pemerintah Megawati terpaksa melakukan kebijakan dengan melepas sejumlah aset negara yang cukup potensial ke tangan asing atau konsorsium. Aset yang dimaksud diantaranya adalah Indosat, Bank Central Asia (BCA), dan dua kapal tanker Pertamina. Kementrian BUMN dan BPPN yang dipimpin oleh Syaffrudin Arsyad Tumenggung dituduh banyak kalangan sebagai lembaga yang paling bertanggung jawab atas lepasnya aset negara tersebut yang semuanya terjadi karena tekanan dari IMF.
Masalah lainnya yang cukup serius adalah ketidakmampuan pemerintah memberikan perlindungan kepada para pekerja Indonesia (TKI) yang dikejar – kejar oleh aparat tempat mereka bekerja. Bahkan, mereka diperintah dengan paksa untuk keluar dari Negeri Jiran Malaysia sehingga Pulau Nunukan dipenuhi para TKI yang tidak terurus. Konflik etnis yang terjadi di beberapa daerah di Indonesia masih terus berlangsung seperti di Poso dan Maluku, dimana konflik sosial berkembang menjadi konflik agama. Dalam hal ini, Megawati memang bertindak tegas terutama terhadap gerakan separatisme, seperti di Aceh yang dimotori oleh Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang menginginkan untuk lepas dari NKRI.
Pemilu 2004
Di antara reformasi politik yang terpenting pada masa pemerintahan Megawati adalah tercapainya kesepakatan untuk mengubah tata cara pemilihan presiden yang semula menggunakan sistem perwakilan menjadi sistem pemilihan langsung. Dengan demikian, pemilu dilakukan dua tahap. Pertama adalah pemilu legislatif, yaitu pemilu untuk memilih para calon wakil rakyat. Kedua adalah untuk memilih presiden dan wakil presiden. Dalam perjalanan sejarah Indonesia, baru kali inilah dilaksanakan pemilihan langsung calon presiden dan wakil presiden. Pemilu kemudian dilaksanakan dalam dua tahap pada tahun 2004. Tahap pertama, pemilu legislatif yang dilaksanakan pada 5 April 2004 yang menghasilkan perolehan suara sebagai berikut :
| Nama Partai | % suara yang sah | % perolehan kursi di DPR |
| Golkar | 21,6% | 23,3% |
| PDIP | 18,5% | 19,8% |
| PKB | 10,6% | 9,5% |
| PPP | 8,2% | 10,5% |
| Partai Demokrat | 10,4% | 10,4% |
| Partai Keadilan Sejahtera | 7,3% | 8,2% |
| PAN | 6,4% | 9,3% |
| Partai Damai Sejahtera | 2,1% | 2,2% |
| Lain – lain | 14,9% | 6,6% |
Adapun pemilu tahap kedua dilaksanakan pada 5 Juli 2004 dengan hasil pemilu sebagai berikut :
| Calon Presiden | Presentase suara sah % |
| Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla | 33,6% |
| Megawati Soekarnoputri dan Hasyim Muzadi | 26,6% |
| Wiranto dan Solahuddin Wahid | 22,2% |
| Amien Rais dan Siswono Yudohusodo | 14,7% |
| Hamzah Haz dan Agum Gumelar | 3,0% |
Oleh karena tidak ada calon presiden yang memperoleh suara mayoritas, diadakan pemilu putaran kedua pada tanggal 20 September 2004. Pasangan Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla yang akhirnya memperoleh 60,9% suara, bersaing dengan pasangan Megawati Soekarnoputri dan Hasyim Muzadi yang memperoleh 39,1% suara. Hal tersebut membuat Susilo Bambang Yudhoyono menjadi presiden RI keenam.
