Sebelumnya Pattimura mampu melumpuhkan semua tentara Belanda yang ada di benteng tersebut. Tetapi akhirnya beliau tertangkap, dan pengadilan kolonial Belanda menjatuhi Pattimura dengan hukuman gantung kepadanya.
Eksekusinya sendiri dilakukan pada tanggal 16 desember 1817, dan akhirnya Pattimura wafat saat itu juga. Meskipun sebelumnya perlawanan sejati diperlihatkan oleh pahlawan Pattimura dengan ketangguhannya tanpa kompromi melawan Belanda.
Beberapa kali bujukan Belanda agar Pattimura bersedia untuk bekerja sama dengan syarat untuk melepaskan hukuman gantung tersebut ditawarkan. Tetapi beliau memilih untuk gugur menjadi seorang pahlawan bangsa di tiang gantungan.
Pattimura berpikir, dari pada hidup bebas sebagai penghianat yang akan disesalinya sepanjang hayatnya. Beliau memilih untuk menerima hukuman yang diberikan oleh kolonial Belanda saat itu.
Dalam sejarah memang sudah disebutkan bahwa wilayah Maluku ini sering berpindah tangan dari Negara satu ke Negara lainnya. Maksudnya adalah terdapat perpindahan dan perebutan kekuasaan yang terkadang juga dilakukan secara resmi oleh para penjajah.
Buktinya adalah wilayah Maluku pernah dikuasai bangsa Belanda, kemudian diserahkan kepada Bangsa Inggris, lalu kembali lagi ke Belanda. Hal tersebut terjadi secara resmi, bahkan perebutan nya seperti mereka menjadi pemilik asli Maluku.
Thomas Matulessy juga pernah mengalami pergantian penguasaan tersebut, pada tahun 1798 tepatnya, wilayah Maluku yang sebelumnya dikuasai Belanda, diserahkan terhadap Bangsa Inggris. Saat itu pemerintahan Inggris sedang berlangsung, dan Thomas Matulessy sempat masuk di dinas militer Inggris, dan akhirnya beliau mendapatkan pangkat sersan.
Tetapi setelah 18 tahun lamanya berlalu, Belanda datang kembali untuk berkuasa dan rakyat Maluku akhirnya mengalami penderitaan kembali. Berbagai tekanan datang bertubi-tubi seperti bekerja rodi, pemaksaan untuk menyerahkan hasil pertanian hingga hal lainnya.
Karena tidak tahan dengan adanya hal ini, maka akhirnya rakyat sepakat untuk melakukan perlawanan untuk membebaskan diri. Perlawanan diawali di Saparua, kemudian dengan cepat merambat ke daerah lain yang ada di Maluku.
Saat di Saparua, Thomas Matulessy dipilih sebagai pemimpin perlawanan oleh rakyat, karena itulah ia dinobatkan sebagai Kapitan Pattimura. Kemudian pada tanggal 16 mei 1817, pertempuran yang luar biasa terjadi, akhirnya rakyat Saparua yang dipimpin oleh Pattimura berhasil merebut benteng Duurstede.
Tentara Belanda yang ada di dalam benteng tersebut semuanya tewas, termasuk Residen Van Den Berg. Pasukan Belanda yang dikirim untuk merebut kembali benteng tersebut sudah dilibas habis oleh pasukan Pattimura.
Alhasil Kapiten Pattimura dan pasukkan nya berhasil menduduki benteng selama 3 bulan lamanya, tetapi Belanda tidak mau menyerah begitu saja. Belanda lalu melakukan operasi besar-besaran yang akhirnya mengerahkan pasukan lebih banyak dengan persenjataan yang lengkap dan lebih modern.
Pasukan Kapiten Pattimura akhirnya kewalahan dan terpukul mundur, akhirnya Pattimura berhasil ditangkap Belanda di sebuah rumah di Siri Sori dan dibawa ke Ambon. Disana mereka membujuk Pattimura untuk bekerja sama, tetapi Pattimura tidak mau menerima permintaan tersebut.
Akhirnya Pattimura diadili di pengadilan kolonial Belanda, dan memvonis hukuman gantung kepada Pattimura. Meskipun begitu, Belanda masih berharap Pattimura mau berubah sikap dan bersedia untuk bekerja sama dengan Belanda.
Bahkan 1 hari sebelum hukuman diberikan, Pattimura masih dibujuk untuk menerima tawaran Belanda, tetapi ia terus menolak bujukan tersebut. Hingga akhirnya di depan Benteng Victoria, Ambon pada 16 Desember 1817 Pattimura dieksekusi.